Choroby autoimmunologiczne takie jak toczeń rumieniowaty układowy, reumatoidalne zapalenie stawów czy twardzina układowa charakteryzują się złożoną patogenezą i skomplikowaną etiologią. Obecnie wiadomo, że jest to klasyczny przykład chorób wielogenowych a prowadzone w tym kierunku badania doprowadziły do identyfikacji szeregu powiązań genetycznych z rozwojem chorób autoimmunizacyjnych. U ich podstaw leżą przede wszystkim geny kodujące białka zaangażowane w takie procesy komórkowe jak apoptoza, usuwanie kompleksów immunologicznych, czy produkcja cytokin. W patogenezie chorób autoimmunologicznych znaczącą rolę odgrywają również czynniki środowiskowe, m.in. światło UV, stres, czynniki zakaźne, chemikalia, zanieczyszczenia, palenie tytoniu, czy dieta.
Infekcje bakteryjne i wirusowe
Infekcje bakteryjne i wirusowe mogą prowadzić do zaburzenia procesów autotolerancji wskutek różnego rodzaju mechanizmów, np. wirusy przyczyniają się do rozwoju autoimmunizacji poprzez stymulację adaptacyjnego układu odpornościowego. Podkreślają to wyniki dotychczasowych badań, wskazujące na istotny związek zakażenia wirusem EBV z ryzykiem zachorowania na stwardnienie rozsiane (SM). W tym przypadku zaobserwowano dodatkowo silną zależność między ilością przeciwciał EBNA, a wzrostem zachorowania na SM.
Czynniki środowiskowe
Czynniki środowiskowe mogą prowadzić do uszkodzenia wielu narządów na wskutek produkcji autoprzeciwciał, stymulacji cytokin co w konsekwencji prowadzi do rozwoju chorób autoimmunologicznych. Jednym z czynników środowiskowych wpływających na patogenezę chorób autoimmunizacyjnych jest krzemionka krystaliczna – grupa minerałów zbudowanych z ditlenku krzemu, które znalazły szerokie zastosowanie do produkcji materiałów budowlanych, szkła i ceramiki. Krzemionka uwalnia się również podczas wydobywania azbestu i złota, a także wiercenia skał i cięcia granitu. Ekspozycja na krzemionkę wiąże się ze zwiększonym ryzykiem występowania RZS, tocznia i twardziny układowej, na wskutek jej działania jako adiuwanta limfocytów T i czynnika wyzwalającego autoimmunizację.
Płeć
Choroby autoimmunologiczne, a dokładniej prawdopodobieństwo ich wystąpienia zależy również od płci – aż 90% przypadków SLE dotyczy kobiet, co wynika z faktu, że estrogeny mogą działać jako wzmacniacze odpowiedzi humoralnej zwiększając przy tym wydzielanie niektórych cytokin. Wykazano również, że stosowanie doustnych środków antykoncepcyjnych lub hormonów po menopauzie ma istotny wpływ na wzrost zachorowania na SLE.