Zaburzenia funkcjonowania układu odpornościowego mogą być jedną z przyczyn chorób układu pokarmowego. Autoimmunizacyjne choroby układu pokarmowego to grupa schorzeń, w których układ odpornościowy atakuje i niszczy własne komórki i tkanki przewodu pokarmowego. Choroby te mogą obejmować różne części przewodu pokarmowego, takie jak np. przełyk, żołądek, jelito cienkie, jelito grube. Istotnym czynnikiem warunkującym powodzenie terapii i poprawę jakości życia pacjenta jest prawidłowa diagnostyka. W różnicowaniu przyczyn trudnych do oceny niespecyficznych objawów klinicznych ze strony układu pokarmowego ważną rolę odgrywają badania obecności autoprzeciwciał.
Do chorób gastroenterologicznych związanych z obecnością autoprzeciwciał należą:
