W leczeniu nadwrażliwości pokarmowych stosuje się dietę eliminacyjną, która polega na wykluczeniu z jadłospisu produktów wywołujących dolegliwości. Czas stosowania dietoterapii zależy od rodzaju nadwrażliwości. Pierwszym krokiem jest identyfikacja pokarmów, które powodują objawy, czyli wybór odpowiedniego testu laboratoryjnego do diagnostyki. Ważne jest, aby wyniki badań interpretować zawsze w korelacji z występującymi symptomami. Następnie eliminuje się nietolerowane pokarmy z diety.
Osoby z nadwrażliwością pokarmową powinny być świadome alternatywnych źródeł produktów oraz unikać tzw. ukrytych alergenów w produktach spożywczych. Dietoterapia powinna być dostosowana do indywidualnych potrzeb i objawów pacjenta, a regularne monitorowanie reakcji organizmu na spożywane posiłki jest kluczowe.
W przypadku alergii pokarmowych IgE-zależnych najczęściej trzeba unikać danego produktu spożywczego przez całe życie, by nie dopuścić do pojawiania się objawów czy stanu zagrożenia życia, co może mieć miejsce np. przy alergii na orzeszki ziemne. Jeżeli istnieje podejrzenie gwałtownej reakcji po kontakcie z alergenem, należy pamiętać o dokładnym czytaniu etykiet i o zachowaniu szczególnej ostrożności w przypadku produktów o nieznanym składzie lub żywienia się w lokalach gastronomicznych.
Skuteczną metodą leczenia nadwrażliwości pokarmowych IgG-zależnych jest dieta eliminacyjno-rotacyjna. By zauważyć złagodzenie dokuczliwych objawów, zwykle zaleca się wykluczenie nietolerowanych produktów na minimum 3 miesiące, a najlepiej na 6 lub 12. Eliminacja z diety produktów, na które występuje nadwrażliwość, służy wyciszeniu przewlekle toczącego się stanu zapalnego w organizmie. Po ustąpieniu symptomów można powoli wprowadzać produkty, które do tej pory były zabronione, jednocześnie monitorując reakcję organizmu. Dieta rotacyjna polega na spożywaniu tolerowanych produktów nie częściej niż co 3 lub 4 dni.
Leczenie żywieniowe nietolerancji pokarmowych polega głównie na eliminacji lub ograniczeniu spożycia pokarmów, które wywołują niepożądane reakcje. Stopień eliminacji z diety produktów nietolerowanych jest kwestią indywidualną.